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【干貨】如何尋找基因信息？用 Pubmed 來尋找基因信息

發(fā)布時間： 2021-08-21　　點擊次數(shù)： 12546次

說起 Pubmed 我們大家都不陌生，當(dāng)然，找文獻(xiàn)可都靠它呢。不過，這個美國國立醫(yī)學(xué)圖書館的搜索引擎可不止能干這個。它只是NCBI Entrez整個數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)中的一個。PubMed 界面提供與綜合分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫的鏈接，其他的內(nèi)容還包括：DNA 與蛋白質(zhì)序列，基因圖數(shù)據(jù)，3D 蛋白構(gòu)象，人類孟德爾遺傳在線等。這次我們要講的就是怎么用里面的 NCBI 來查找所需要的基因信息。
如何尋找基因信息
首先，打開 NCBI 網(wǎng)頁ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/，選擇[gene]，輸入您要的基因名稱（可簡寫），如 CCR9，搜索。

然后，選擇種屬，如 homosapiens，點擊進(jìn)入所需基因，下拉網(wǎng)頁，在"NCBI Reference sequence (Refseq)"下方

NG_029472.1就是該基因的 genomic DNA 序列號，NM_001256369.1 就是異構(gòu)體B的 mRNA 序列號，而 NP_001243298.1 就是NM_001256369.1相應(yīng)的氨基酸序列號。同理， NM_031200.2 → NP_112477.1 分別是異構(gòu)體A的mRNA和氨基酸序列號。Genomic context 中 Location= 3p21.3 是指此基因位于 3 號染色體短臂（p）2 帶 1 區(qū) 3 亞區(qū)。
點擊進(jìn)入相應(yīng)頁面就會出現(xiàn)詳細(xì)的外顯子、編碼序列等信息。

想要知道詳細(xì)信息的話，可以點擊 GenBank

如果你只想獲得序列（例如去設(shè)計 PCR 引物的時候），那就可以選擇 FASTA，這樣就得到了 FASTA 格式的序列文件，沒有其他數(shù)字和格式的干擾。

如何選擇目前*的 mRNA 序號
在這推薦一個網(wǎng)站：harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/mutation/

輸入您查找的基因，如 CCR9，"Go"提交，便會出現(xiàn) CCR9 的相應(yīng)界面，點進(jìn)去就能顯示公認(rèn)的序列號和 DNA 序列。

這樣參照的序列號對了，設(shè)計引物、基因突變的命名及表述才是對的，發(fā)文章時才不會錯。（基因突變命名也是一個系統(tǒng)，可以到 NCBI 上下載相關(guān)文獻(xiàn)）。另外，這一網(wǎng)站 DNA 序列中也提供了目前文獻(xiàn)報道的已知的突變位點和 SNP 位點。非常好用。

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